กล้องจุลทรรศน์ชีวภาพโดยทั่วไปจะมีกำลังขยายต่ำ ตั้งแต่ 40x ถึง 1,000x เนื่องจากตัวอย่างทางชีววิทยามักจะโปร่งใสและต้องใช้กำลังขยายปานกลางเพื่อสังเกตโครงสร้างของเซลล์และเนื้อเยื่อ
ในกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพ กำลังขยายถูกกำหนดโดยการรวมกันของเลนส์ใกล้วัตถุและช่องมองภาพ กำลังขยายของเลนส์ใกล้วัตถุทั่วไป ได้แก่ 4x, 10x, 40x และ 100x ในขณะที่ช่องมองภาพมักจะมีกำลังขยาย 10x ดังนั้น กำลังขยายสูงสุดของกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพทั่วไปคือ 100 เท่าของวัตถุคูณด้วยเลนส์ใกล้ตา 10 เท่า ซึ่งเท่ากับ 1,000 เท่า
สิ่งสำคัญที่ควรทราบก็คือ กำลังขยายของกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพไม่สูงเท่ากับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน เนื่องจากตัวอย่างทางชีววิทยามักมีโครงสร้างที่ซับซ้อน และกระบวนการสังเกตจำเป็นต้องรักษาความมีชีวิตและความสมบูรณ์ของชิ้นงานทดสอบ นอกจากนี้ ความละเอียดของกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพก็มีความสำคัญเช่นกัน เนื่องจากโครงสร้างทางชีวภาพมักมีขนาดเล็กมากและต้องใช้ความละเอียดสูงในการสังเกตรายละเอียดเล็กๆ น้อยๆ
ในการใช้งานเฉพาะทางบางอย่างที่ต้องใช้กำลังขยายที่สูงกว่า เช่น การวิจัยทางพยาธิวิทยาหรือการผ่าตัดด้วยกล้องจุลทรรศน์ สามารถใช้ช่องมองภาพที่มีกำลังขยายสูง (เช่น 16x หรือสูงกว่า) ร่วมกับช่องมองภาพที่เหมาะสมเพื่อให้ได้กำลังขยายที่สูงขึ้น อย่างไรก็ตาม การสังเกตที่มีกำลังขยายสูงเหล่านี้มักต้องใช้การเตรียมตัวอย่างที่ซับซ้อนและเทคนิคการใช้กล้องจุลทรรศน์ และต้องการทักษะที่มากขึ้นจากผู้ปฏิบัติงาน